Платить водный налог должны те, кто использует водные объекты по лицензии. Это могут быть компании, ИП или обычные граждане. Причем это также лицензии, которые получили до введения ВК РФ, то есть до 1 января 2007 года (после большинство видов водопользования не лицензируется). Следовательно, после того, как закончится действующая лицензия, водопользователь заключит договор или получит разрешение и платить будет уже не водный налог, а плату по договору. До окончания срока действия таких лицензий платится водный налог.

Водный налог компания вправе не платить, если использует воду для рыбоводства и воспроизводства водных биологических ресурсов (п. 1 ст. 333.9, подп. 5 п. 2 ст. 333.9 НК). Чтобы применять освобождение от налога и пониженные ставки, необходимо целевое использование воды (ст. 333.12 НК).